Markus Huber sammelte seine ersten Erfahrungen im Bereich der Steuern im Alter von zwölf Jahren im Steuerberatungsbüro seines Grossvaters Heinrich Illi. Von Beginn an wurde er in zahlreiche Arbeitsabläufe involviert und lernte das Steuerwesen von Grund auf kennen.

Während des Studiums der Rechtswissenschaften an den Universitäten Luzern und Zürich war er als Werkstudent bei der Zürcher Kantonalbank im Bereich der Steuer- und Erbschaftssachen tätig.

Im Zuge des Masterstudiums und nach dem entsprechenden Abschluss betreute er als Assistent von Prof. Dr. August Mächler an der ETH Zürich eine staatsrechtliche Vorlesung für angehende Berufsoffiziere.

Anschliessend an die juristische Ausbildung konzentrierte sich Markus Huber auf das Studium der Geschichte und Philosophie in Berlin mit Semesteraufenthalt am University College in London. Im Rahmen dieses Zweitstudiums erlangte er als studentischer Mitarbeiter am Lehrstuhl für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte an der Humboldt-Universität zu Berlin zusätzlich Erfahrungen im wissenschaftlichen Bereich.

Von Oktober 2012 bis zur Gründung von Illi Partner führte er das Büro als Inhaber. Während seiner Doktorarbeit engagiert sich Markus Huber bei Illi Partner als freier Mitarbeiter.